近期，?項(xiàng)由浙江省人民醫(yī)院俞云松教授和浙江大學(xué)附屬第?醫(yī)院周華教授領(lǐng)導(dǎo)的研究在《柳葉刀微生物》上發(fā)表，揭示了 COVID-19 疫情后的肺炎?原體流?情況。雖然疫情限制措施已經(jīng)解除，但中國(guó)的肺炎?原體相關(guān)流?病學(xué)數(shù)據(jù)和耐藥率數(shù)據(jù)仍然較少，主要因?yàn)檫@種病原體難以培養(yǎng)，而全基因組高通量測(cè)序的方法或可成為診斷肺炎支原體并獲得其流行病學(xué)與耐藥情況的重要技術(shù)手段。

研究背景

? 2023 年 10 ?中旬以來(lái)，中國(guó)北?地區(qū)（如北京和遼寧）的呼吸道疾病顯著增加，流感樣疾病病例數(shù)明顯?于過(guò)去三年。這?趨勢(shì)可能與呼吸道合胞病毒、流感病毒以及肺炎?原體等病原體的傳播有關(guān)。

研究方法

研究?員從 2021 年 7 ?? 2023 年 12 ?，收集了來(lái)?中國(guó)七個(gè)地區(qū)（包括?南、?北、中部、南部、東南、北部和東北）的 236 份肺炎?原體陽(yáng)性呼吸樣本。這些樣本來(lái)? 106 名?童和 130 名成?。通過(guò)全基因組測(cè)序技術(shù)，并進(jìn)?多位點(diǎn)序列分型（MLST）分析與核?基因組 MLST（cgMLST）的整合分析，對(duì)這些樣本中的肺炎?原體基因型及其分布情況進(jìn)?深?研究。
主要發(fā)現(xiàn)

1. 基因型分布

在 91 份高覆蓋率樣本中可直接用于 MLST 分析，其中 ST3 型（69.23%）和 ST14 型（23.07%）是主要的肺炎?原體基因型，隨后是 ST7 型（7.69%）。整合核心基因組 MLST（cgMLST）分析結(jié)果后對(duì) 149 份樣本進(jìn)行分析統(tǒng)計(jì)，其比例也大致相當(dāng)，前三位分別為 ST3 型（69.79%）、ST14 型（19.46%）和 ST7 型（8.72%）。

圖 1：杭州市兩家三甲醫(yī)院的肺炎?原體檢測(cè)陽(yáng)性率趨勢(shì)圖

(A)?浙江?學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第?醫(yī)院的肺炎?原體 IgM 和 PCR 檢測(cè)陽(yáng)性率。數(shù)據(jù)顯示，從 2022 年? 2023 年，這兩種檢測(cè)?法的陽(yáng)性率均顯著上升。

(B)?浙江省??醫(yī)院的肺炎?原體 IgM 檢測(cè)陽(yáng)性率。這?數(shù)據(jù)同樣顯示出陽(yáng)性率的明顯上升趨勢(shì)，進(jìn)?步驗(yàn)證了肺炎?原體感染病例的增加。

2.耐藥性分析

在 236 份樣本中，168 份樣本具有?夠的測(cè)序數(shù)據(jù)?于耐藥性突變分析。23S rRNA 基因中與?環(huán)內(nèi)酯類抗?素耐藥相關(guān)的突變率為 88.10%，其中 A2063G 是最常?的突變（n=148）。不同地區(qū)和 ST 型別的 23S rRNA V 區(qū)的突變率有所不同，ST3 型和 ST14 型的突變率分別為 100% 和 96.6%，? ST7 型在中國(guó)南部地區(qū)未發(fā)現(xiàn)耐藥突變。

圖 2：中國(guó)?陸不同地區(qū)肺炎?原體克隆的分布

(A)?各地區(qū)不同 ST 型的肺炎?原體分布情況。研究顯示，ST3 型和 ST14 型在多個(gè)地區(qū)均有分布，而 ST7 型主要集中在南?地區(qū)。

(B)?不同 ST 型肺炎?原體分布的示意地圖。地圖直觀展示了不同地區(qū)肺炎?原體 ST 型的地理分布，幫助識(shí)別流?病學(xué)模式。

3.耐藥突變分布

不同 ST 型和地區(qū)的 23S rRNA A2063G 突變分布。研究顯示，ST3 型和 ST14 型的菌株多存在 A2063G 突變，? ST7 型菌株未發(fā)現(xiàn)此突變。

圖 3：?23S rRNA A2063G 突變的分布。圖中點(diǎn)表示菌株，綠?表示野?型，紅?表示 A2063G 突變，灰?和 “-” 表示測(cè)序質(zhì)量不?以進(jìn)?分型和突變分析。

4. 系統(tǒng)發(fā)育分析

系統(tǒng)發(fā)育樹揭示了中國(guó)主要流?的肺炎?原體克隆與全球流?克隆之間的進(jìn)化關(guān)系。系統(tǒng)發(fā)育樹包括本研究中的肺炎?原體菌株及全球流?克隆的參考基因組，展示了這些菌株的進(jìn)化關(guān)系和遺傳多樣性。

圖 4：系統(tǒng)發(fā)育樹

包括本研究中的肺炎?原體菌株及全球流?克隆的參考基因組，展示了這些菌株的進(jìn)化關(guān)系和遺傳多樣性。

結(jié)論

研究表明，隨著 COVID-19 限制措施的放松，肺炎?原體可能在中國(guó)引發(fā)了疫情爆發(fā)，且?環(huán)內(nèi)酯類耐藥的肺炎?原體在全國(guó)范圍內(nèi)傳播。高通量全基因組測(cè)序在流?病學(xué)監(jiān)測(cè)和診斷中展現(xiàn)了重要價(jià)值。

研究支持

該研究得到中國(guó)科技部重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、浙江省先鋒研究發(fā)展項(xiàng)?及浙江省科技廳重點(diǎn)研究項(xiàng)目的資助。

這項(xiàng)研究提供了中國(guó)當(dāng)前肺炎支原體流行的重要信息，幫助我們更好地理解和控制這種疾病。希望公眾提?警惕，注意防護(hù)，共同應(yīng)對(duì)。