EBC 大會(huì) | 聚焦熱點(diǎn),共話感染檢測(cè) LDT 開發(fā)!

2023EBC 第八屆易貿(mào)生物產(chǎn)業(yè)大會(huì)暨易貿(mào)生物產(chǎn)業(yè)展覽于 2023 年 3 月 17-19 日在蘇州國(guó)際博覽中心成功舉辦。規(guī)模再創(chuàng)新高,注冊(cè)人數(shù)達(dá) 22752 人,400 多家參展商共同呈現(xiàn) 40000 平生物產(chǎn)業(yè)專業(yè)展覽。杰毅生物秉承 “創(chuàng)新檢驗(yàn)未來(lái)” 的理念,在本次大會(huì)被授予 2022 創(chuàng)新突破企業(yè) TOP100 榮譽(yù),同時(shí)策劃了感染檢測(cè) LDT 開發(fā)論壇,會(huì)場(chǎng)座無(wú)虛席,人氣滿滿。

感染檢測(cè) LDT 開發(fā)論壇:從多角度出發(fā) 共享病原檢測(cè)現(xiàn)狀與展望

本次論壇由杰毅生物創(chuàng)始人&CEO 王珺博士主持并分享《LDT 相關(guān)政策及病原檢測(cè)開發(fā)進(jìn)展》,同時(shí)邀請(qǐng)到浙江省人民醫(yī)院俞云松教授分享《感染性疾病診治進(jìn)展與需求》、中國(guó)疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所周海健研究員分享《傳染病監(jiān)測(cè)預(yù)警對(duì)臨床病原微生物檢測(cè)技術(shù)發(fā)展的需求》、齊碳科技聯(lián)合創(chuàng)始人&首席科學(xué)家白凈衛(wèi)先生分享《基于納米孔平臺(tái)的產(chǎn)品開發(fā)》。

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俞云松教授從臨床角度出發(fā),首先陳述了感染性疾病仍然是全球關(guān)注的重大健康問題,而病原學(xué)診斷是感染性疾病診治中最重要環(huán)節(jié),其次結(jié)合臨床案例對(duì)于當(dāng)下病原診斷手段進(jìn)行優(yōu)劣勢(shì)分析,最后給予了病原診斷技術(shù)發(fā)展的目標(biāo)與方向,期待集有效的病原體富集、更高的檢測(cè)通量、更短的檢測(cè)時(shí)長(zhǎng)、更低的檢測(cè)成本、更自動(dòng)化的檢測(cè)流程等多重優(yōu)勢(shì)于一身的病原診斷手段可以助力臨床。

周海健研究員表示傳染病危害群眾生命健康、影響全球公共衛(wèi)生安全、拖累經(jīng)濟(jì)發(fā)展速度、甚至影響國(guó)家和地區(qū)安全。我國(guó)當(dāng)前細(xì)菌性傳染病防控仍然面臨諸多挑戰(zhàn),當(dāng)前細(xì)菌性傳染病病原學(xué)監(jiān)測(cè)預(yù)警在多方面進(jìn)行應(yīng)用,但難培養(yǎng)病原體或疑似感染的病原檢測(cè)在醫(yī)療和疾控機(jī)構(gòu)均存在技術(shù)短板。宏基因組測(cè)序是提升突發(fā)公共衛(wèi)生疫情發(fā)現(xiàn)能力的關(guān)鍵技術(shù),希望未來(lái)可以在醫(yī)療和疾控系統(tǒng)實(shí)驗(yàn)室加強(qiáng)傳染病病原檢測(cè)能力建設(shè),主要包括擴(kuò)展罕見、被忽略傳染病的檢測(cè)病原種類;建立新病原的發(fā)現(xiàn)鑒定技術(shù);發(fā)展準(zhǔn)確、快速、高通量、智能化的病原檢測(cè)和特征分析技術(shù);繼續(xù)加強(qiáng)傳染病實(shí)驗(yàn)室監(jiān)測(cè)網(wǎng)絡(luò)建設(shè)。

杰毅生物王珺博士從個(gè)人角度對(duì) LDT 相關(guān)政策的理解進(jìn)行了分享,同時(shí)跟大家介紹了杰毅生物部分最新病原診段方案:ResFirst?,聚焦呼吸道感染,基于微流控分子檢測(cè)技術(shù),覆蓋 200+種病原體和耐藥基因,可在 4 小時(shí)內(nèi)實(shí)現(xiàn)病原體的快速檢測(cè),精準(zhǔn)助力病原檢測(cè),提升患者預(yù)后;onco 可以通過(guò)對(duì)人基因組數(shù)據(jù)染色體拷貝數(shù)變異(CNV)分析,提示腫瘤信號(hào)。而創(chuàng)新升級(jí)后的 Q-mNGS?3.0 利用正向廣譜富集技術(shù),可以實(shí)現(xiàn)超敏檢測(cè)、精準(zhǔn)定量;在最后,王珺博士分享了杰毅生物的愿景:讓每位感染患者第一時(shí)間得到精準(zhǔn)診療。

齊碳科技白凈衛(wèi)博士從納米孔基因測(cè)序原理、納米孔測(cè)序儀核心技術(shù)研發(fā)講起,跟大家分享了國(guó)內(nèi)首臺(tái)自主研發(fā)的商業(yè)化納米孔基因測(cè)序儀從 0 到 1 的過(guò)程,以及納米孔測(cè)序儀實(shí)時(shí)、便捷、長(zhǎng)讀長(zhǎng)等優(yōu)勢(shì),而升級(jí)到其最新的納米孔生化體系,硅芯片及測(cè)序算法套件 Hound v1.2 以后,測(cè)序的單次準(zhǔn)確率達(dá)到 97%,Consensus 準(zhǔn)確率(70x)達(dá)到 Q50,Homopolymer 分辨能力也大幅提升。納米孔長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)對(duì)物種鑒定特異性、耐藥菌的有效識(shí)別具有明顯優(yōu)勢(shì)?;邶R碳納米孔測(cè)序平臺(tái)的病原檢測(cè)方案可以實(shí)現(xiàn)快速檢測(cè)、提高病原檢測(cè)靈敏度、精準(zhǔn)識(shí)別耐藥菌。便攜式測(cè)序儀應(yīng)用于床旁感染診斷未來(lái)可及。

聚焦時(shí)勢(shì) ,共話熱點(diǎn)——LDT 背景下的感染檢測(cè)開發(fā)

本次圓桌討論圍繞四個(gè)話題展開:

LDT 的價(jià)值?CDC/醫(yī)院可以與技術(shù)企業(yè)如何合作,共同推動(dòng)臨床適宜新技術(shù)被合理且充分使用?三代測(cè)序?qū)ξ磥?lái)病原診斷會(huì)有怎樣的價(jià)值?

俞云松教授表示:任何的項(xiàng)目都基于需求。隨著病原的不斷被發(fā)現(xiàn),可以研發(fā)相應(yīng)的抗原抗體,可以推動(dòng)診治的優(yōu)化。精準(zhǔn)診療可以有效提高患者生存率也可以大大節(jié)省治療費(fèi)用,LDT 模式可以助力最新的檢測(cè)技術(shù)直接送到臨床、服務(wù)于臨床。
周海健研究員表示:疾控中心可以使用多種診斷手段進(jìn)行檢測(cè)和監(jiān)測(cè),新技術(shù)確實(shí)很好地助力疑難感染的診斷和傳染病監(jiān)測(cè)。LDT 的落地可以促進(jìn)各醫(yī)療機(jī)構(gòu)提升傳染病病原發(fā)現(xiàn)能力,提升疾控中心可獲取的傳染病監(jiān)測(cè)數(shù)據(jù)的質(zhì)量。同時(shí),疾控中心可以借助 LDT 模式,使用最新的技術(shù),與醫(yī)院建立合作,助力傳染病的早發(fā)現(xiàn)早預(yù)警,進(jìn)而促進(jìn)有效預(yù)防措施的制定和實(shí)施、針對(duì)性疫苗及藥物的研發(fā)、大眾健康宣傳教育等。
白凈衛(wèi)博士表示:LDT 政策可以協(xié)助新興技術(shù)手段更好地服務(wù)于臨床,在應(yīng)用過(guò)程中促進(jìn)新技術(shù)不斷的優(yōu)化和發(fā)展。三代測(cè)序儀器更小、速度更快,未來(lái)還有很多可能。
王珺博士表示:LDT 可以促進(jìn)整個(gè)行業(yè)更好的發(fā)展,可以促進(jìn)病原診斷方案有一個(gè)更好的出口。感染性疾病病原監(jiān)測(cè)手段需結(jié)合臨床與疾控需求,在 LDT 背景更好的探索與發(fā)展。

杰毅生物秉承創(chuàng)新驅(qū)動(dòng)發(fā)展的經(jīng)營(yíng)理念,致力于將數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)與產(chǎn)品創(chuàng)新相結(jié)合,開拓先進(jìn)的分子診斷技術(shù)在感染性疾病等人類健康領(lǐng)域的應(yīng)用,讓疾病診斷更準(zhǔn)、更快、更智慧,希望可以在 LDT 背景下,為臨床患者提供感染性疾病分子診斷的整體解決方案。

提高病原學(xué)送檢率,Q-mNGS 助力感染精準(zhǔn)診斷!

2 月 28 日,國(guó)家衛(wèi)健委醫(yī)政司發(fā)布 2023 年 《國(guó)家衛(wèi)生健康委辦公廳關(guān)于印發(fā) 2023 年國(guó)家醫(yī)療質(zhì)量安全改進(jìn)目標(biāo)的通知》,明確提出:

(1)感染科:提高呼吸道病原體核酸檢測(cè)覆蓋率和呼吸道感染性疾病核酸檢測(cè)百分比。

(2)檢驗(yàn)科:提高室間質(zhì)評(píng)項(xiàng)目參加率

(3)醫(yī)院感染控制專業(yè):提高住院患者抗菌藥物治療前病原學(xué)送檢率(PIT-2023-37)

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(1)感染科改進(jìn)目標(biāo):提高呼吸道病原體核酸檢測(cè)覆蓋率和呼吸道感染性疾病核酸檢測(cè)百分比

目標(biāo)簡(jiǎn)述:呼吸道傳染病是全球重大公共衛(wèi)生問題,早期從發(fā)熱和(或)呼吸道癥狀患者中正確識(shí)別并明確病原學(xué)診斷是呼吸道傳染病防控的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。醫(yī)療機(jī)構(gòu)應(yīng)當(dāng)開展呼吸道病原體檢測(cè)技術(shù),醫(yī)務(wù)人員應(yīng)當(dāng)熟練掌握呼吸道傳染病的臨床特點(diǎn)、標(biāo)本采集和病原學(xué)檢測(cè)技術(shù)。

(2)檢驗(yàn)科改進(jìn)目標(biāo):提高室間質(zhì)評(píng)項(xiàng)目參加率

目標(biāo)簡(jiǎn)述:室間質(zhì)量評(píng)價(jià)是臨床實(shí)驗(yàn)室保證和改進(jìn)檢驗(yàn)質(zhì)量的重要手段,是公立醫(yī)院績(jī)效考核中的重要指標(biāo)。國(guó)家衛(wèi)生健康委臨床檢驗(yàn)中心及各省級(jí)臨床檢驗(yàn)中心組織的室間質(zhì)量評(píng)價(jià)活動(dòng)對(duì)保證檢驗(yàn)結(jié)果的可比性和同質(zhì)性,推進(jìn)臨床檢驗(yàn)結(jié)果互認(rèn),提高我國(guó)臨床檢驗(yàn)質(zhì)量有重要意義。

(3)醫(yī)院感染控制專業(yè)改進(jìn)目標(biāo):提高住院患者抗菌藥物治療前病原學(xué)送檢率(PIT-2023-37)

目標(biāo)簡(jiǎn)述:當(dāng)前,全球普遍關(guān)注抗菌藥物臨床使用問題。提高抗菌藥物治療前病原學(xué)送檢率,尤其是發(fā)生醫(yī)院感染者和應(yīng)用限制使用級(jí)以上抗菌藥物的患者,提高抗菌藥物治療前規(guī)范送檢意識(shí)和規(guī)范無(wú)菌性樣本送檢,可以有效提高抗菌藥物使用的科學(xué)性和規(guī)范性,對(duì)遏制細(xì)菌耐藥、提升治療效果和保障人民群眾健康權(quán)益具有重要意義。

提高抗菌藥物治療前病原學(xué)送檢率勢(shì)在必行

當(dāng)前,全球普遍關(guān)注微生物耐藥問題,提高無(wú)菌性樣本送檢比例,可以有效提高抗菌藥物使用的科學(xué)性和規(guī)范性,對(duì)遏制細(xì)菌耐藥、提升治療效果和保障人民群眾健康權(quán)益具有重要意義。我國(guó)近高度重視抗菌藥物管理,國(guó)家衛(wèi)健委采取了多項(xiàng)管理措施,包括抗菌藥物合理使用監(jiān)測(cè)、抗菌藥物體系建設(shè)等。

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2018 年,國(guó)家衛(wèi)健委發(fā)布 《關(guān)于持續(xù)做好抗菌藥物臨床應(yīng)用管理有關(guān)工作的通知》特別指出,為了讓限制性和特殊使用級(jí)別的抗生素在使用時(shí)做到先送檢、再使用,要加強(qiáng)臨床微生物實(shí)驗(yàn)室建設(shè),加強(qiáng)臨床微生物檢驗(yàn)人才培養(yǎng),聯(lián)合使用傳統(tǒng)微生物學(xué)、分子生物學(xué)和免疫學(xué)檢驗(yàn)方法,提高臨床微生物檢驗(yàn)?zāi)芰Α?/p>

2021 年,國(guó)家衛(wèi)生健康委發(fā)布 《2021 年國(guó)家醫(yī)療質(zhì)量安全改進(jìn)目標(biāo)》,提出十項(xiàng)國(guó)家醫(yī)療質(zhì)量安全改進(jìn)目標(biāo)以及相應(yīng)的具體闡釋和實(shí)現(xiàn)目標(biāo)的核心策略,將 “提高住院患者抗菌藥物治療前病原學(xué)送檢率” 被明確列為目標(biāo)之一。

2022 年,“提高住院患者抗菌藥物治療前病原學(xué)送檢率” 再次被列為 《2022 年國(guó)家醫(yī)療質(zhì)量安全改進(jìn)目標(biāo)》之一

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值得關(guān)注的是,在 2021 年 10 月國(guó)家衛(wèi)生健康委發(fā)布的《關(guān)于提高住院患者抗菌藥物治療前病原學(xué)送檢率》的專項(xiàng)行動(dòng)指導(dǎo)意見中,病原宏基因組測(cè)序(mNGS)被列入《常見病原學(xué)檢驗(yàn)項(xiàng)目目錄》。

Q-mNGS?助力感染病原精準(zhǔn)檢測(cè)

杰毅生物 Q-mNGS?定量宏基因組檢測(cè),基于 30 萬(wàn)例臨床標(biāo)本大數(shù)據(jù),率先實(shí)現(xiàn)了病原體核酸的相對(duì)定量檢測(cè),檢測(cè)范圍覆蓋細(xì)菌、真菌、病毒、寄生蟲等近 25000 種病原體,兼顧厚壁微生物與 RNA 穩(wěn)定性,顯著提升病原體檢測(cè)靈敏度,在 13 小時(shí)內(nèi)提供快速精準(zhǔn)的診斷依據(jù),幫助臨床醫(yī)生合理規(guī)范使用抗細(xì)菌藥物。

以優(yōu)異成績(jī)通過(guò)了國(guó)家衛(wèi)生健康委臨檢中心發(fā)起的全國(guó)下呼吸道感染宏基因組高通量測(cè)序室間質(zhì)評(píng),上海市臨檢中心 “2022 年血漿微生物游離 DNA 宏基因組高通量測(cè)序室間質(zhì)評(píng)” 等多項(xiàng)室間質(zhì)評(píng)活動(dòng)。

杰毅生物將持續(xù)創(chuàng)新感染病原精準(zhǔn)檢測(cè)解決方案,推進(jìn)感染精準(zhǔn)診療,努力遏制細(xì)菌耐藥,為廣大人民的健康保駕護(hù)航!

【科研合作】中國(guó)人群立克次氏體分子流行病學(xué)研究

病原宏基因組技術(shù)(mNGS)的快速發(fā)展和廣泛應(yīng)用,為少見/罕見病原體的快速精準(zhǔn)鑒定提供了重要的技術(shù)支撐。同時(shí),在傳染病預(yù)防控制領(lǐng)域,針對(duì)具有潛在公共衛(wèi)生防控風(fēng)險(xiǎn)的少見/罕見病原體,結(jié)合 mNGS 和經(jīng)典病原體分子分型方法也能夠開辟快速鑒別和精準(zhǔn)分子流行病學(xué)研究的新型技術(shù)路徑。

近日,中國(guó)疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制研究所/傳染病預(yù)防控制國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室聯(lián)合杰毅生物創(chuàng)新應(yīng)用研究院,在國(guó)際知名學(xué)術(shù)期刊 Frontiers in Cellular and Infection Microbiology(IF:6.073)發(fā)表題為 “Human Rickettsia felis infections in Mainland China” 的研究論文。針對(duì)基于定量 mNGS(Q-mNGS)技術(shù)在不明原因發(fā)熱 (FUO) 患者中篩查發(fā)現(xiàn)的立克次體陽(yáng)性樣本,該研究進(jìn)一步通過(guò)立克次體屬特異基因擴(kuò)增子測(cè)序發(fā)現(xiàn)了 4 例由貓立克次體(Rickettsia felis)感染引起的跳蚤傳播斑點(diǎn)熱(Flea-borne spotted fever)病例,并結(jié)合相關(guān)患者信息開展分子流行病學(xué)分析,發(fā)現(xiàn) FUO 患者呈現(xiàn)高發(fā)的貓立克次體感染(2.14%,4/187),提示該類病原體存在較高的公共衛(wèi)生防控風(fēng)險(xiǎn),應(yīng)受到疾控系統(tǒng)和臨床端的高度重視。中國(guó)疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所/傳染病預(yù)防控制國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室秦天研究員為通訊作者,杰毅生物創(chuàng)新應(yīng)用研究院任若通博士、杜振山作為貢獻(xiàn)作者參與了該項(xiàng)工作。

  • 研究背景:

貓?克次體(Rickettsia felis)是?種新出現(xiàn)的跳蚤傳播斑疹熱病原體,可以感染多種宿主。與具有?種或兩種特定媒介物種的其他?克次體相?,貓?克次體可以由跳蚤、蜱、螨、虱?和蚊?等多種媒介所攜帶。貓?jiān)椋?em>Ctenocephalides felis)被認(rèn)為是貓?克次體的主要媒介和宿主。已有研究表明,貓?克次體在貓?jiān)橹械牧餍新始s為 95%。然?,其他媒介在疾病傳播中的潛在作?不容忽視。

自 1994 年美國(guó)?次報(bào)道貓?克次體導(dǎo)致?類感染病例之后,迄今全世界已報(bào)告數(shù)百例貓?克次體導(dǎo)致的跳蚤傳播斑疹熱病例,這些病例遍布除南極洲以外的所有?陸。在中國(guó),2014 年江蘇省基于 PCR 方法報(bào)告了中國(guó)?個(gè)貓?克次體感染病例。隨著?通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展和應(yīng)?,近年來(lái)從不明原因發(fā)熱 (FUO) 患者診斷出了更多的?克次體病例,且多為散發(fā)病例(?西、浙江和福建)。然?,基于?清學(xué)的分子流行病學(xué)研究發(fā)現(xiàn),健康?群中存在較高的貓?克次體感染率(16%)。此外,最近對(duì)?洲不明原因發(fā)熱 (FUO) 患者的研究發(fā)現(xiàn),?達(dá) 15% 的患者?液中可檢測(cè)到貓?克次體。上述研究結(jié)果均提示,我們應(yīng)該對(duì)可能爆發(fā)的跳蚤斑疹熱疫情保持充分警惕。

  • 研究結(jié)果:

該研究隸屬于由 ICDC 領(lǐng)導(dǎo)的蜱傳疾病監(jiān)測(cè)項(xiàng)?,于 2021 年 4 ?至 2022 年 6 ?,從湖北、?西、福建、浙江、安徽、湖南六省基層醫(yī)院采集 187 例 FUO 患者的?漿或??管肺泡灌洗液(BALF),并利用熒光定量 PCR、定量宏基因組(Q-mNGS)和擴(kuò)增子測(cè)序進(jìn)行人畜共患病病原體篩查,包括立克次體、無(wú)漿體、埃立克體和柯克氏菌等,共計(jì)發(fā)現(xiàn) 18 例立克次體陽(yáng)性樣本,且未檢測(cè)到其他蜱傳病原。進(jìn)一步,針對(duì)上述 18 份立克次體陽(yáng)性樣本進(jìn)行的立克次體屬特異基因(17kD、ompA、ompB 和 sca4 基因)擴(kuò)增子測(cè)序結(jié)果發(fā)現(xiàn)其中包含 14 名日本立克次體感染患者(血漿樣本)和 4 名貓立克次體感染患者(兩份血漿和兩份 BALF)。

4 名貓立克次體感染患者 [病例 1(59 歲,女性)、病例 2(58 歲,男性)、3(54 歲,女性)和 4(81 歲,男性)] 均有不明原因發(fā)熱的初始癥狀。病例 2、3 和 4 出現(xiàn)遍布四肢和軀干的黃斑皮疹。病例 3 和 4 存在可能由節(jié)肢動(dòng)物咬傷所致的皮膚損傷。病例 2 和 3 出現(xiàn)白細(xì)胞減少,而病例 2、4 出現(xiàn)中性粒細(xì)胞減少。所有患者的 CRP 水平均顯著升高。病例 3 和 4 出現(xiàn)肝功能障礙,包括血漿白蛋白水平異常低,丙氨酸轉(zhuǎn)氨酶和天冬氨酸轉(zhuǎn)氨酶水平異常升高。影像學(xué)結(jié)果顯示所有四名患者均存在肺部病變。

  • 研究結(jié)論:

首先,該研究基于定量宏基因組(Q-mNGS)、分子診斷和擴(kuò)增子測(cè)序方法在中國(guó)境內(nèi)發(fā)現(xiàn)了 4 例貓?克次體感染病例。4 名貓?克次體感染患者均于春季(4 月至 6 月)發(fā)病。貓?克次體感染病例分布于世界各地,但之前在中國(guó),由貓?克次體引起的跳蚤傳播斑點(diǎn)熱的報(bào)告很少,迄今僅有 10 例報(bào)告(包括本研究中的 4 例)。貓?克次體感染病例在多個(gè)地區(qū)呈散發(fā),沒有明顯的區(qū)域分布,這可能與貓?克次體具有多種媒介以及不同媒介的廣泛分布有關(guān)。此外,除了 4 名被診斷為跳蚤傳播斑點(diǎn)熱的患者外,該研究還發(fā)現(xiàn) 14 名日本立克次氏體感染患者,提示日本斑點(diǎn)熱在中國(guó)也是一種重要的立克次體病。

其次,貓?克次體感染的臨床癥狀和體征與其他立克次體病(蜱傳斑點(diǎn)熱、鼠傷寒和恙蟲病)相似,包括發(fā)熱、皮疹、皮膚焦痂、神經(jīng)癥狀、消化癥狀、咳嗽和肺炎。然而,如果未經(jīng)治療或采取不當(dāng)措施,嚴(yán)重的情況,如肝臟腫大、心肌炎、腦膜腦炎、腦水腫以及急性和呼吸窘迫綜合征,可能會(huì)導(dǎo)致預(yù)后不良甚至死亡。該研究中,所有患者的臨床癥狀都始于不明原因發(fā)熱,但除了皮疹(3 名患者)和肺炎或肺部病變(4 名患者)外,其他癥狀都是非特異性的,提示在不明原因肺炎細(xì)菌感染患者的臨床診斷時(shí)應(yīng)考慮可能的立克次體感染。

最后,立克次體的傳播途徑復(fù)雜,已知貓?jiān)椤Ⅱ?、螨和蚊子等都可攜帶和傳播貓立克次體等病原體,但是目前節(jié)肢動(dòng)物向人類傳播立克次體感染性疾病的機(jī)制仍不清楚。大多數(shù)患者存在動(dòng)物接觸接觸史,尤其是狗和貓,但目前尚未記錄到跳蚤的直接接觸史。該研究中四名貓立克次體感染患者均報(bào)告了未知蚊蟲叮咬,其中兩名患者觀察到了皮膚損傷,表明其具有很高的節(jié)肢動(dòng)物接觸風(fēng)險(xiǎn)。此外,瘧疾與貓?克次體感染之間的相關(guān)性研究揭示了瘧蚊在傳播貓立克次體中的潛在作用,說(shuō)明蚊子也可能傳播貓?克次體。來(lái)自中國(guó)的前期研究表明,0.6–6.0% 的蚊子攜帶貓立克次體。目前,全世界近一半的人口面臨蚊子傳播疾病的風(fēng)險(xiǎn),而隨著氣候變化,對(duì)蚊子傳播疾病的控制將變得越來(lái)越困難。因此,在后續(xù)進(jìn)一步的研究中,我們可能應(yīng)該更加關(guān)注蚊子對(duì)貓?克次體傳播和致病的影響。

綜上所述,作為一種長(zhǎng)期被忽視的傳染病,貓立克次體病感染病例近年來(lái)的報(bào)道有所增加,提示公共衛(wèi)生工作者和臨床醫(yī)生應(yīng)盡可能關(guān)注類似的由罕見/少見病原體所致的傳染病,特別是對(duì)有動(dòng)物接觸史的 FUO 患者。同時(shí),結(jié)合 Q-mNGS 等未知病原快速篩查技術(shù)和經(jīng)典分子分型等精準(zhǔn)鑒別方法,疾病預(yù)防和控制系統(tǒng)有必要對(duì)當(dāng)?shù)刎?克次體宿主和媒介進(jìn)行長(zhǎng)期監(jiān)測(cè)和調(diào)查,并評(píng)估蚤傳斑點(diǎn)熱的潛在暴發(fā)風(fēng)險(xiǎn)。

杰毅生物高分通過(guò)上海臨檢中心 “2022 年血漿微生物游離 DNA 宏基因組高通量測(cè)序(調(diào)查項(xiàng)目)室間質(zhì)評(píng)”

最近,上海臨床檢驗(yàn)質(zhì)量控制中心公布了 “2022 年血漿微生物游離 DNA 宏基因組高通量測(cè)序 (調(diào)查項(xiàng)目) 室間質(zhì)評(píng)結(jié)果報(bào)告”,本次室間質(zhì)評(píng)活動(dòng)測(cè)試項(xiàng)目為血漿微生物游離 DNA 宏基因組高通量測(cè)序,共計(jì) 32 家單位參與,杭州杰毅醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室以優(yōu)異成績(jī)順利通過(guò)本次室間質(zhì)評(píng)!

室間質(zhì)評(píng)結(jié)果報(bào)告

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宏基因組高通量測(cè)序(mNGS)在臨床感染病原診斷領(lǐng)域發(fā)揮越來(lái)越重要的價(jià)值,其中在膿毒癥,血流感染等方面,利用血漿微生物游離 DNA 宏基因組高通量測(cè)序的檢測(cè)方法,不僅具有更短的檢測(cè)周期和更廣的病原菌譜,對(duì)于厭氧、苛養(yǎng)菌的檢測(cè)也更加友好,還因具有分子診斷技術(shù)的高靈敏度和高特異,為臨床感染診療提供快速、精準(zhǔn)、可靠的病原學(xué)依據(jù)。為了促進(jìn) mNGS 檢測(cè)更加規(guī)范化和標(biāo)準(zhǔn)化,使其在臨床得到更好應(yīng)用,本次室間質(zhì)評(píng)活動(dòng)評(píng)價(jià)原則包括假陽(yáng)性結(jié)果、假陰性結(jié)果以及穩(wěn)健性結(jié)果。杭州杰毅醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室以高分成績(jī)通過(guò)了本次室間質(zhì)評(píng),再一次標(biāo)志著杰毅生物 Q-mNGS?2.0 定量宏基因組檢測(cè)技術(shù)的檢測(cè)性能和實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)能力再次得到官方認(rèn)可!
杰毅生物自主研發(fā)的 Q-mNGS?2.0 定量宏基因組檢測(cè),覆蓋近 25000 種病原體,真實(shí)還原標(biāo)本中病原體載量,實(shí)現(xiàn)病原定量檢測(cè);基于腫瘤細(xì)胞染色體不穩(wěn)定性原理增加了腫瘤提示功能,為臨床感染診療帶來(lái)雙重獲益。在臨床實(shí)踐積累中,公司不斷優(yōu)化 mNGS 全流程自動(dòng)化、標(biāo)準(zhǔn)化水平,以優(yōu)異成績(jī)通過(guò)了全國(guó)下呼吸道感染宏基因組高通量測(cè)序室間質(zhì)評(píng)等國(guó)家衛(wèi)生健康委臨檢中心發(fā)起的多項(xiàng)室間質(zhì)評(píng)活動(dòng)。杰毅生物將在產(chǎn)品解決方案優(yōu)化升級(jí),實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量管理和檢測(cè)能力提升等方面持續(xù)精進(jìn),朝著 “讓每位感染患者第一時(shí)間得到精準(zhǔn)診療” 的愿景砥礪前行!

捷報(bào)!杰毅生物獲批 “浙江省級(jí)高新技術(shù)企業(yè)研究開發(fā)中心”

1 月 4 日,浙江省科技廳發(fā)文公示 2022 年浙江省高新技術(shù)企業(yè)研發(fā)中心認(rèn)定名單。經(jīng)浙江省科學(xué)技術(shù)廳評(píng)審、公示,杭州杰毅生物技術(shù)有限公司申報(bào)的 “浙江省杰毅感染疾病分子診斷高新技術(shù)企業(yè)研究開發(fā)中心” 被認(rèn)定為省高新技術(shù)企業(yè)研究開發(fā)中心。

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浙江省高新技術(shù)企業(yè)研發(fā)中心是浙江科技創(chuàng)新體系的重要組成部分,是提升全省加快科技創(chuàng)新、推動(dòng)高質(zhì)量發(fā)展的總體部署。企業(yè)研發(fā)中心是設(shè)在企業(yè)內(nèi)部相對(duì)獨(dú)立的省級(jí)研發(fā)機(jī)構(gòu),是促進(jìn)企業(yè)技術(shù)進(jìn)步和成果轉(zhuǎn)化,推動(dòng)高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)發(fā)展的重要?jiǎng)?chuàng)新力量。

杰毅生物自成立以來(lái),重視一流人才隊(duì)伍建設(shè)和培養(yǎng),堅(jiān)持產(chǎn)學(xué)研融合,打造基于大數(shù)據(jù)的前沿分子診斷技術(shù)和創(chuàng)新產(chǎn)品,并全力推進(jìn)其在感染性疾病診療領(lǐng)域的廣泛普及和應(yīng)用,推動(dòng)精準(zhǔn)診療的進(jìn)展。感染精準(zhǔn)診療領(lǐng)域的深耕與持續(xù)性創(chuàng)新,公司擁有近 100 項(xiàng)核心技術(shù)專利、商標(biāo)等自主知識(shí)產(chǎn)權(quán),開發(fā)基于高通量測(cè)序(NGS)和基因編輯(CRISPR/Cas)兩大技術(shù)平臺(tái)的多項(xiàng)前沿分子診斷產(chǎn)品。在新冠疫情中支援武漢新冠肺炎重癥患者診療,承擔(dān)國(guó)家科技部重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃-新冠疫情應(yīng)急專項(xiàng),與北京協(xié)和醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院、中國(guó)疾病預(yù)防控制中心等醫(yī)療、科研單位建立了戰(zhàn)略合作關(guān)系,為臨床抗精準(zhǔn)感染治療,傳染性疾病防控提供精準(zhǔn)科學(xué)的解決方案,展現(xiàn)出堅(jiān)實(shí)的技術(shù)實(shí)力。

“讓每位感染患者第一時(shí)間得到精準(zhǔn)診療” 是全體杰毅人共同的愿景和前行的動(dòng)力。未來(lái),我們將繼續(xù)加大研發(fā)投入,加快推進(jìn)創(chuàng)新科技成果轉(zhuǎn)化及應(yīng)用,以科技力量造福社會(huì)!

喜報(bào)!杭州杰毅生物技術(shù)有限公司成功獲批設(shè)立浙江省博士后工作站

2022 年 5 月 9 日,浙江省博士后工作辦公室根據(jù)《關(guān)于做好我省企業(yè)博士后工作站先設(shè)站后授牌工作的通知》(浙人社函〔2014〕99 號(hào))和《浙江省博士后工作試點(diǎn)工作管理實(shí)施辦法》(浙博辦〔2008〕1 號(hào))精神,正式批準(zhǔn)杭州杰毅生物技術(shù)有限公司設(shè)立浙江省博士后工作站。

人才資源賦能高質(zhì)量發(fā)展

“致天下之治者在人才”,隨著我國(guó)經(jīng)濟(jì)由高速增長(zhǎng)階段轉(zhuǎn)向高質(zhì)量發(fā)展階段,由要素推動(dòng)轉(zhuǎn)向創(chuàng)新推動(dòng),人才資源將是實(shí)現(xiàn)浙江跨越式發(fā)展最寶貴的戰(zhàn)略資源。近年來(lái),浙江省非常重視企業(yè)博士后工作站建設(shè),支持新一代信息技術(shù)、人工智能、新材料、生物醫(yī)藥等戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)中的高科技型和高成長(zhǎng)性企業(yè)。杰毅生物作為專注基因檢測(cè),以分子技術(shù)為平臺(tái)的高新技術(shù)企業(yè),致力于為客戶提供感染性疾病分子診斷的整體解決方案。同時(shí),杰毅生物秉承 “創(chuàng)新檢驗(yàn)未來(lái)” 的理念,圍繞基因編輯(CRISPR/Cas)和高通量測(cè)序(NGS)兩大前沿技術(shù)管線,自主研發(fā)了一系列自動(dòng)化檢測(cè)儀器和檢測(cè)試劑,正在成長(zhǎng)為研發(fā)、生產(chǎn)、銷售于一體的新型分子診斷產(chǎn)品新銳企業(yè),并期待未來(lái)能夠引領(lǐng)分子診斷進(jìn)入新世代。

人才價(jià)值與企業(yè)效益共贏共進(jìn)

杰毅生物自成立以來(lái),高度重視青年人才培養(yǎng),堅(jiān)持科技興國(guó),研發(fā)興企,在新技術(shù)研發(fā)和產(chǎn)品管線開拓等方面持續(xù)深耕投入,同時(shí)也與北京協(xié)和醫(yī)院、北京大學(xué)人民醫(yī)院、北京大學(xué)第三醫(yī)院、首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京朝陽(yáng)醫(yī)院、首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京友誼醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院、中國(guó)疾病預(yù)防控制中心等醫(yī)療和科研單位建立了戰(zhàn)略合作關(guān)系,正在全力打造基于大數(shù)據(jù)的人工智能診斷系統(tǒng)和服務(wù),推動(dòng)高端醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)的發(fā)展。隨著此次博士后工作站的成功獲批,杰毅生物 CEO 王珺、COO 蘇廣宇和創(chuàng)新應(yīng)用研究院院長(zhǎng)任若通也將作為博士后工作站導(dǎo)師,會(huì)同多位臨床醫(yī)學(xué)、檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)和分子流行病學(xué)等領(lǐng)域的國(guó)內(nèi)頂級(jí)專家共同指導(dǎo)和培養(yǎng)博士后人才,標(biāo)志著杰毅生物在人才隊(duì)伍和研發(fā)能力建設(shè)上的又一次重要突破。杰毅生物將以本次設(shè)立博士后工作站為契機(jī),聚焦技術(shù)成果轉(zhuǎn)化、創(chuàng)新人才培育及產(chǎn)業(yè)化項(xiàng)目開發(fā),努力吸引更多國(guó)內(nèi)外優(yōu)秀博士來(lái)從事高水平的科研和臨床轉(zhuǎn)化工作,積極推動(dòng)人才梯隊(duì)的建設(shè),以人才優(yōu)勢(shì)助力企業(yè)科學(xué)發(fā)展,最終實(shí)現(xiàn)人才價(jià)值與企業(yè)效益的共贏共進(jìn)。

持續(xù)高熱+液平:真是肺膿腫嗎?——福建省第二人民醫(yī)院發(fā)表 Q-mNGS 病例!

近日,福建省第二人民醫(yī)院聯(lián)合杰毅生物共同發(fā)表了一篇臨床案例,此案例應(yīng)用 Q-mNGS Onco 排除感染,同時(shí)利用宿主基因組拷貝數(shù)變異提示腫瘤, 研究成果發(fā)表在《BMC pulmonary medicine》(IF = 3.317)。 福建省第二人民醫(yī)院呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科魏萍為第一作者, 王春娥主任和杰毅生物劉超博士為通訊作者, 杰毅生物王肖嘉和李彩云共同參與此研究。

背景介紹:

肺膿腫和肺癌的影像學(xué)征象有許多相似之處,因此診斷時(shí)難以準(zhǔn)確區(qū)分。肺膿腫是一種感染性疾病,其特征是存在膿腔,而高達(dá) 22% 的原發(fā)性肺癌會(huì)顯示出相似的空洞。在胸部 CT 中觀察到空洞性病變時(shí),臨床醫(yī)生通常會(huì)先考慮肺膿腫的可能性,因?yàn)樗R?。關(guān)于肺部疾病的初步診斷通常是經(jīng)驗(yàn)性的,取決于傳統(tǒng)的微生物檢測(cè)、CT 掃描以及炎癥和腫瘤的血清學(xué)生物標(biāo)志物。然而,由于炎癥和腫瘤都能使腫瘤標(biāo)志物等臨床指標(biāo)升高,并且考慮到炎癥伴隨腫瘤同時(shí)存在的情況,這些測(cè)試可能會(huì)模糊甚至導(dǎo)致錯(cuò)誤的診斷。當(dāng)多種疾病共同出現(xiàn)某些癥狀時(shí),初步診斷可能不準(zhǔn)確,從而延誤有效治療。因此,在經(jīng)驗(yàn)性治療失敗的情況下,像 mNGS 這樣全面、無(wú)偏見的檢測(cè)可對(duì)診斷提供非常有效的幫助。

病例描述:

患者林某,女性,62 歲。主訴 “咳嗽、咳痰、咯血 1 月余,發(fā)熱 3 周”?;颊?1 月前無(wú)明顯誘因出現(xiàn)咳嗽、咳痰,痰少色黃無(wú)惡臭,夾血絲,無(wú)呼吸困難等,就診當(dāng)?shù)厥嗅t(yī)院,胸部 CT“右下肺膿腫”,血常規(guī):WBC 19.83x109/L,GR 85%,CRP 108.3mg/L,PCT 0.056ng/ml,予哌拉西林、左氧氟沙星抗感染,3 周前出現(xiàn)發(fā)熱,最高體溫 40°C,熱峰未退。后轉(zhuǎn)診福州兩家三甲醫(yī)院呼吸科、腫瘤科門診,均考慮 “肺膿腫”,先后予莫西沙星、頭孢噻肟抗感染,熱峰未退?;颊呒韧?“高血壓病”6 月,血壓控制良好。無(wú)過(guò)敏史。無(wú)吸煙史。

患者感染指標(biāo)普遍升高,腫瘤標(biāo)志物(SCC,CYFRA21_1,CEA)指標(biāo)較高,全腹 CT 顯示肝內(nèi)膽管小結(jié)石,肝囊腫,余未見明顯異常。胸部 CT 現(xiàn)實(shí)右肺下葉高密度腫塊,病灶內(nèi)多發(fā)空洞,可見氣液平面,空洞周圍邊界模糊,可見不規(guī)則磨玻璃樣陰影。右肺下葉包裹積液、積氣,考慮膿腫。培養(yǎng)見念珠菌屬+(痰)和曲霉菌 1cfu(肺泡灌洗液)。初步診斷為肺膿腫。

影像學(xué)檢測(cè)結(jié)果:

胸部 CT,彩超,氣管鏡。右肺下葉混合回聲團(tuán)塊-考慮病灶內(nèi)部含氣體液化壞死區(qū)。主氣管通暢,未見分泌物,左、右主支氣管及各葉段支氣管腔內(nèi)未見新生物、異物、出血,右下葉背段支氣管腔內(nèi)可見少量白粘痰。

Q-mNGS 檢測(cè)-基因組拷貝數(shù)分析結(jié)果:

從上到下依次為患者標(biāo)本,陰性對(duì)照和陽(yáng)性對(duì)照標(biāo)本。

基因組拷貝數(shù)分析顯示患者存在明顯的拷貝數(shù)變異。

組織活檢結(jié)果:

患者右肺下葉穿刺活檢標(biāo)本染色。同一行左右兩圖為相同部位不同放大倍數(shù)的染色圖像。結(jié)合免疫組化,考慮為肺鱗癌。

治療經(jīng)過(guò)及預(yù)后:

Table 1. 臨床診斷與治療時(shí)間表

WBC: 白細(xì)胞; GR: 粒細(xì)胞; CRP: C 反應(yīng)蛋白; PCT: 血小板計(jì)數(shù); CEA, SCC,CYFRA21_1: 腫瘤指標(biāo)

術(shù)后第二天(7 月 31 日)患者不再發(fā)熱,抗生素降級(jí)為頭孢哌酮鈉舒巴坦,8 月 13 日出院。9 月 8 日回醫(yī)院復(fù)查,腫瘤指標(biāo)正常。

案例總結(jié):

  • mNGS 有助于臨床醫(yī)師快速診斷病原體未知的感染性疾病,尤其是在經(jīng)驗(yàn)性抗感染失敗時(shí),建議早期行 mNGS 檢測(cè)以指導(dǎo)下一步靶向抗感染治療。
  • 該例患者以 “持續(xù)高熱”為主訴,影像表現(xiàn)為較典型 “肺膿腫” 征象,經(jīng)驗(yàn)性抗感染治療失敗,經(jīng) Q-mNGS 檢測(cè)提示腫瘤,為肺穿刺活檢與腫瘤確診提供依據(jù)和指導(dǎo)方向。Q-mNGS 檢測(cè)在病原體診斷的基礎(chǔ)上增加了腫瘤提示,對(duì)于疑似感染、經(jīng)驗(yàn)性抗感染失敗的患者,尤其是常規(guī)微生物學(xué)檢測(cè)陰性且 mNGS 未檢出病原體時(shí),腫瘤提示對(duì)鑒別診斷與針對(duì)性治療有很強(qiáng)的臨床指導(dǎo)意義。

二代測(cè)序能實(shí)時(shí)分析了? 9 小時(shí)刷新 NextSeq 平臺(tái) mNGS 新速度!

導(dǎo)讀

實(shí)驗(yàn)周期長(zhǎng)、操作較復(fù)雜一直是宏基因組二代測(cè)序(mNGS)在臨床應(yīng)用的主要限制因素。2022 年 3 月 15 日,檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)權(quán)威期刊《Clinical Chemistry》(2021 年影響因子 8.327)發(fā)表了北京協(xié)和醫(yī)院和杰毅生物聯(lián)合發(fā)表的重要研究論文。研究團(tuán)隊(duì)通過(guò)改良測(cè)序接頭和開發(fā)了一套快速實(shí)時(shí)生信分析系統(tǒng),并借助于杰毅生物自主研發(fā)的自動(dòng)建庫(kù)儀器,實(shí)現(xiàn)了在 NextSeq 測(cè)序平臺(tái)上全流程最快 9.1 小時(shí)的多樣本 mNGS 檢測(cè),進(jìn)一步發(fā)揮 mNGS 在鑒定疑難、危重、特殊感染方面的優(yōu)勢(shì),為危急重癥患者的快速精準(zhǔn)診療贏得寶貴的時(shí)間。

研究背景

宏基因組二代測(cè)序 (mNGS ) 具有無(wú)偏倚地檢測(cè)樣本中病原體的巨大潛力,也是鑒定新發(fā)突發(fā)病原微生物的重要手段,但其報(bào)告時(shí)限(TAT)較長(zhǎng)(≥15h)。盡管 Oxford Nanopore Technologies(ONT)測(cè)序平臺(tái)提供了 TAT≤6 小時(shí)的測(cè)序和檢測(cè)分析方案,但相較于 Illumina 二代測(cè)序方法,依然存在測(cè)序深度和 Reads 產(chǎn)出較低,成本較高和測(cè)序錯(cuò)誤率較高等不足。在面對(duì)各種疑似感染病癥時(shí),臨床醫(yī)生始終有快速、準(zhǔn)確鑒定病原體的迫切需求,因此,提升 mNGS 檢測(cè)時(shí)效性成為了臨床病原微生物檢驗(yàn)關(guān)注的重點(diǎn)。

研究結(jié)果

改進(jìn)測(cè)序接頭結(jié)構(gòu),實(shí)現(xiàn) “快速、實(shí)時(shí)”mNGS 分析

圖 1 通過(guò)對(duì)測(cè)序接頭的改進(jìn),實(shí)現(xiàn)不影響測(cè)序質(zhì)量前提下的快速、實(shí)時(shí)分析

受到現(xiàn)有測(cè)序接頭和測(cè)序原理的限制,NGS 只能先獲取全部樣本的測(cè)序數(shù)據(jù),再根據(jù)標(biāo)簽序列進(jìn)行數(shù)據(jù)拆分,最后完成序列比對(duì)分析,該固有流程是導(dǎo)致二代測(cè)序?qū)嶒?yàn) TAT 較長(zhǎng)的主要因素之一。本研究創(chuàng)新性地改良了測(cè)序接頭的結(jié)構(gòu),接頭中插入了一段樣本特異的內(nèi)部標(biāo)簽序列(Internal Index),實(shí)現(xiàn)了對(duì)內(nèi)部標(biāo)簽序列進(jìn)行優(yōu)先測(cè)序和測(cè)序數(shù)據(jù)的提前拆分分析。為了避免這種接頭設(shè)計(jì)導(dǎo)致的核苷酸多樣性缺失、測(cè)序質(zhì)量不佳、產(chǎn)出數(shù)據(jù)不足的問題,研究者們組合搭配了三種不同長(zhǎng)度(6、7 和 8bp)的內(nèi)部標(biāo)簽(圖 1)。這樣的設(shè)計(jì)能在保證測(cè)序質(zhì)量的前提下,提前拆分分析樣本測(cè)序數(shù)據(jù),實(shí)現(xiàn)快速實(shí)時(shí)的 mNGS 分析。

自動(dòng)化+實(shí)時(shí)生信分析,最快 9.1 小時(shí)完成 mNGS 全流程

圖 2 改良的接頭設(shè)計(jì),結(jié)合自動(dòng)化建庫(kù)設(shè)備和生信實(shí)時(shí)分析流程,最終實(shí)現(xiàn)快速 mNGS

完成測(cè)序接頭的改良后,研究者開發(fā)了一套快速 mNGS 檢測(cè)方案,包括自動(dòng)化文庫(kù)制備、Illumina NextSeq 測(cè)序平臺(tái)和實(shí)時(shí)分析系統(tǒng)(圖 2)。實(shí)時(shí)分析監(jiān)控程序全程監(jiān)測(cè)測(cè)序進(jìn)度,并根據(jù)測(cè)序循環(huán)數(shù)調(diào)度分析任務(wù)。后續(xù)的性能驗(yàn)證證實(shí)了改良的測(cè)序接頭實(shí)現(xiàn)了快速檢測(cè),在 NextSeq 測(cè)序平臺(tái)的全流程 TAT 降低到了 9.1~10.1 小時(shí) (圖 3,測(cè)序耗時(shí)約 6.1 小時(shí),濕實(shí)驗(yàn)耗時(shí) 3~4 小時(shí))。而使用常規(guī)接頭,僅測(cè)序單一步驟耗時(shí)就達(dá)到約 11.7 小時(shí),全流程周轉(zhuǎn)時(shí)間至少在 15 小時(shí)以上。

圖 3 測(cè)序分析耗時(shí)對(duì)比(改良的接頭 vs 經(jīng)典 TruSeq 接頭)

準(zhǔn)確性評(píng)估

圖 4 利用真實(shí)臨床樣本完成新方法的性能評(píng)估

為了進(jìn)一步縮減測(cè)序時(shí)間、并評(píng)估整套實(shí)驗(yàn)流程的準(zhǔn)確性,研究者使用改良后的測(cè)序接頭對(duì) 153 個(gè)下呼吸道標(biāo)本進(jìn)行了快速實(shí)時(shí) mNGS 檢測(cè)分析。研究者們綜合了標(biāo)本的臨床培養(yǎng)、16S/ITS 測(cè)序、PCR-sanger 測(cè)序和病毒的 qPCR 驗(yàn)證結(jié)果,形成一套復(fù)合標(biāo)準(zhǔn),用于評(píng)價(jià)快速 mNGS 報(bào)告和常規(guī) mNGS 報(bào)告的準(zhǔn)確性(圖 4)。

圖 5 快速 mNGS 和常規(guī) mNGS 結(jié)果的準(zhǔn)確性評(píng)估

如圖 5 所示,基于復(fù)合參考標(biāo)準(zhǔn),快速 mNGS 的細(xì)菌檢測(cè)能力達(dá)到了陽(yáng)性符合率 85.1%,陰性符合率 100%;真菌檢測(cè)能力達(dá)到了陽(yáng)性符合率 80.3%,陰性符合率 97.4%;病毒檢測(cè)能力達(dá)到了陽(yáng)性符合率 96.8%,陰性符合率 98.0%。

總結(jié)

本研究基于杰毅生物 mNGS 自動(dòng)化解決方案,創(chuàng)新開發(fā)了改良的測(cè)序接頭和實(shí)時(shí)快速分析系統(tǒng),以 9.1 小時(shí)首次刷新了 Illumina NextSeq 測(cè)序平臺(tái)下的 mNGS 檢測(cè)速度,性能驗(yàn)證結(jié)果證實(shí)這項(xiàng) “既快又準(zhǔn)” 的 mNGS 檢測(cè)技術(shù)有望為疑難、危重、特殊感染患者的救治提供更及時(shí)、更精準(zhǔn)、更全面的診療線索,開創(chuàng)臨床感染精準(zhǔn)診療的新局面。

?【重要研究成果】Q-mNGS 診斷新生兒感染與療效監(jiān)控

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近日,湖南省兒童醫(yī)院聯(lián)合杰毅生物共同開展了關(guān)于新生兒感染研究,并應(yīng)用 Q-mNGS 針對(duì)傳統(tǒng)病原學(xué)陰性的新生兒感染患者進(jìn)行病原檢測(cè)和監(jiān)控治療,研究成果發(fā)表在《Frontiers in Microbiology》(IF 5.64)。湖南省兒童醫(yī)院新生兒科張榕副教授為本文第一作者,杰毅生物劉超博士和湖南省兒童醫(yī)院彭小明主任為通訊作者。

01 研究背景

感染性疾病是導(dǎo)致新生兒死亡的重要原因。2019 年全球報(bào)告每 100 名活產(chǎn)嬰兒中有 17 人死亡,每天有 6,700 名新生兒死亡,約 48% 的 7 天以上新生兒死亡可歸因于微生物感染。本研究匯報(bào)了 10 例傳統(tǒng)方法未能闡明病因的嚴(yán)重感染新生兒患者,對(duì)這些患者進(jìn)行定量宏基因組測(cè)序(Q-mNGS,實(shí)現(xiàn)人源和病原的相對(duì)定量),成功發(fā)現(xiàn)病原體并根據(jù) Q-mNGS 結(jié)果輔助監(jiān)控療效。

02 主要研究結(jié)果

10 名參與者的年齡從 2 天到 52 天不等,其中 4 名參與者 (40%) 是女性。疾病類型包括肺炎、敗血癥和腦膜炎,入組患者的臨床特征列于表 1。研究對(duì) 10 名患兒同時(shí)進(jìn)行傳統(tǒng)微生物檢測(cè)(培養(yǎng)、抗原檢測(cè)和 PCR)和 Q-mNGS 檢測(cè),結(jié)果顯示,傳統(tǒng)病原學(xué)檢測(cè)均為陰性,而 Q-mNGS 則檢測(cè)到結(jié)核分枝桿菌、嗜肺軍團(tuán)菌、蠟樣芽孢桿菌等病原體。后續(xù)臨床根據(jù) Q-mNGS 檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行抗生素調(diào)整及療效監(jiān)控,有 8 名患兒在治療后恢復(fù)健康,10 名患者 Q-mNGS 檢測(cè)結(jié)果見表 2。

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表 1 入組患者的臨床特征

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表 2 10 名患者的 mNGS 檢測(cè)結(jié)果

本研究中,當(dāng)所有常規(guī)方法都未能發(fā)現(xiàn)新生兒感染的 “罪魁禍?zhǔn)住?時(shí),Q-mNGS 提供了準(zhǔn)確的病原學(xué)診斷依據(jù),并指導(dǎo)針對(duì)性使用抗生素治療。因此有望降低新生兒感染的疾病管理總體成本和患者負(fù)擔(dān)。

案例一:結(jié)核分枝桿菌

19 日齡男性患兒 1 出現(xiàn)發(fā)燒和呼吸急促及呼吸衰竭。外周血、痰、腦脊液的結(jié)核分枝桿菌培養(yǎng)為陰性,炎癥指標(biāo) CRP 為 153.04 mg/dL,降鈣素原 (PCT) 為 16.44 ng/ml,入院 2 天后外周血 Q-mNGS 檢出結(jié)核分枝桿菌(序列數(shù) 59 條,相對(duì)豐度 83.1%,病原指數(shù)(Q 指數(shù))10723.30,排位 86.03%),TAT 僅為 13 小時(shí)。隨后血液 T.SPOT 試驗(yàn)和痰標(biāo)本 Xpert MTB/RIF 試驗(yàn)陽(yáng)性,患兒及母親也呈現(xiàn)出結(jié)核感染影像學(xué)特征,基于此臨床診斷該患兒為先天性結(jié)核病,并進(jìn)行針對(duì)性治療后患兒恢復(fù)正常。?

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圖 1 患兒的胸部 CT 結(jié)果

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圖 2 結(jié)核分支桿菌感染的診療過(guò)程

案例二 :嗜肺軍團(tuán)菌

4 日齡的女性患兒 2 出現(xiàn)發(fā)燒和咳嗽,并迅速惡化。炎癥指標(biāo) CRP 高于 320 mg/dL,PCT 為 1.07ng/mL,乳酸水平為 4.3mmol/L。痰、血液、腦脊液和 BALF 微生物培養(yǎng)均為陰性,入院 12 天后肺泡灌洗液和外周血進(jìn)行?Q-mNGS 檢出嗜肺軍團(tuán)菌(BALF 序列數(shù)為 24055 條,相對(duì)豐度 96.18%,Q 指數(shù) 22014.71,排位 91.05% 和外周血序列數(shù) 361 條,相對(duì)豐度 96.52%,Q 指數(shù) 13653.88,排位 71.54%)。肺泡灌洗液進(jìn)行 16s 核糖體 RNA (rRNA) 測(cè)序及血嗜肺軍團(tuán)菌 IgM 抗體檢測(cè)結(jié)果陽(yáng)性?;诖?strong>臨床診斷該患兒為軍團(tuán)菌肺炎,針對(duì)性采用紅霉素治療,并送檢外周血標(biāo)本進(jìn)行 Q-mNGS 連續(xù)檢測(cè),監(jiān)控嗜肺軍團(tuán)菌的載量,治療 33 天后未檢出嗜肺軍團(tuán)菌,停止用藥并進(jìn)行隨訪,患兒生長(zhǎng)和神經(jīng)發(fā)育均正常。

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圖 3 Q-mNGS 和 16s 核糖體 RNA(rRNA) 測(cè)序檢出嗜肺軍團(tuán)菌

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圖 4 嗜肺軍團(tuán)菌感染的診療過(guò)程

案例三:蠟樣芽孢桿菌

15 日齡女性患兒 10,出現(xiàn)呼吸急促 15 天、發(fā)熱 3 天、抽搐 2 天。炎癥指標(biāo) CRP 為 168.1mg/dL,PCT 為 18.12ng/mL。腦脊液檢查顯示白細(xì)胞 9.65×109/L,葡萄糖 1.02mmol/L,蛋白質(zhì) 2.64g/L。痰、血液、腦脊液微生物培養(yǎng)均為陰性,腦脊液生化提示細(xì)菌性腦炎,送檢腦脊液進(jìn)行 Q-mNGS 檢測(cè),檢出蠟樣芽孢桿菌序列數(shù) 61 條,相對(duì)豐度 6.21%,Q 指數(shù) 9559.24,排位 94.4%。結(jié)合患兒的腦部影像學(xué)特征及 16rRNA 測(cè)序結(jié)果,臨床擬診蠟樣芽孢桿菌感染。送檢腦脊液標(biāo)本進(jìn)行 Q-mNGS 連續(xù)檢測(cè),監(jiān)控蠟樣芽孢桿菌的載量,調(diào)整抗生素方案。3 個(gè)月隨訪患兒感染指標(biāo)恢復(fù)正常,仍存在彌漫性腦軟化癥。

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圖 5 蠟樣芽孢桿菌感染的診療過(guò)程